
ഈ ക്ഷേത്രത്തിലെ ധ്വജ പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയതു 1021 മകര മാസം 29 ആം തീയതി (February 10, 1846) ആയിരുന്നു. അതിന്റെ പറകൾ ഓടു കൊണ്ടു അതിമനോഹരമായി വാർത്തവയായിരുന്നു. എന്നാൽ അധിക കാലം കഴിയുന്നതിനു മുൻപ് അതിന്റെ തടിക്കു എങ്ങിനെയോ കേടു പററി. ഇതു മനസ്സിലാക്കിയ ഊരാണ്മക്കാരും ഭക്തജനങ്ങളും കൂടി 1085 ഇടവം 1 ആം തീയതി പറയെല്ലാം ഇളക്കിയെത്തു തടി ദഹിപ്പിച്ചു.
പെരുന്ന ക്ഷേത്രത്തിലെ ഭഗവാന് സുബ്രമഹ്ണ്യൻറെ അത്ഭുതകരമായ ശക്തിവിശേഷം നാടെങ്ങും പരന്നു. കാര്യസാധ്യത്തിനായി വിദൂര ദിക്കുകളില് നിന്നുപോലും നിരവധി ഭക്തന്മാർ ദർശനത്തിനായി വന്നു തുടങ്ങി. അന്നു ക്ഷേത്രം ഇന്നത്തെപ്പോലെ എല്ലാവിധ സൗകര്യങ്ങളോടു കൂടിയതല്ലായിരുന്നു.
ഭക്തജനങ്ങൾക്ക് കൂടുതല് സൗകര്യം കിട്ടത്തക്കവണ്ണം ക്ഷേത്രം പരിഷ്കരിക്കേണം എന്ന് നാട്ടുകാർക്ക് തോന്നി . ശ്രീകോവിലിന്റെയും മണ്ഡപത്തിന്റെയും പണി ഒരേ കാലത്തായിരുന്നു നടന്നത്.
നിത്യവും ഗംഭീരമായ ബ്രാഹ്മണസദ്യ നടത്തിക്കൊണ്ടിരുന്ന ഈ ക്ഷേത്രത്തില് ആദ്യകാലത്തു ഒരു ഊട്ടുപുര ഉണ്ടായിരുന്നില്ല. ഇപ്പോൾ കാണുന്ന ഊട്ടുപുര പണിയിച്ചതും ശ്രീകോവിലിന്റെ ജീർണത ഉദ്ധാരണം നടത്തിയ കാലത്തോടടുത്തു തന്നെയാണു. ഈ രണ്ടു പണികളും നടത്തിച്ചതു കുമാരമംഗലത്തു മനയിലും താമരശേരി ഇല്ലത്തും അന്നുണ്ടായിരുന്ന മൂത്ത തിരുമേനിമാർ ആണ്.